技術概述
10X Genomics 技術將單一細胞封裝到凝膠珠乳液 (GEM) 中。.
從單一細胞生成的 cDNA 將經過文庫建構和下一代定序，以揭示單細胞層次的基因表現譜。.
我們的核心伺服器目前託管著 Chromium iX 儀器。如有任何疑問，請隨時與我們聯繫。.
服務費和訂購
單細胞3′基因表現分析
- 每個樣本取500-10,000個細胞進行3′端基因表現譜分析
單細胞5′端基因表現與免疫分析
- 每個樣本取500-10,000個細胞進行5′端基因表現譜分析
- 組裝、註釋全長T細胞和/或B細胞V(D)J序列並確定克隆型
- 能夠從同一份樣本中檢測基因表現譜並解析TCR/BCR譜系
附加功能：條碼技術與單細胞基因表現檢測
- 透過同時測量同一細胞的細胞表面蛋白表現或 CRISPR 擾動，實現多組學分析。
單細胞多組ATAC+基因表達
- 同一細胞核進行轉錄組（3'基因表現）和開放染色質（ATAC-seq）的多組學分析，每個樣本最多可分析10,000個細胞核。
單細胞基因表現彈性
- 利用標靶人類或小鼠轉錄組的探針分析固定樣本的轉錄組
- 適用於細胞懸浮液、新鮮或冷凍組織
- 一次反應最多可同時檢測 16 個樣品
- 每個樣本最多可檢測 10,000 個細胞（4 重反應）或 8,000 個細胞（16 重反應）。
每項檢測均可新增以下附加應用程式：
| 單細胞3'端基因表現分析 | 單細胞5′端基因表現與免疫分析 | 單細胞多組 ATAC + 基因表達 | 單細胞基因表現彈性 | |
| V(D)J 定序 | √ | |||
| 細胞表面蛋白 | √ | √ | 即將推出 | |
| CRISPR篩選 | √ | √ | ||
| 採樣複用 | √ |
服務價格
此核心實驗室提供從使用 10X Chromium iX 進行細胞封裝、後續文庫建置、Illumina 定序到使用 Cell Ranger 進行資料分析的全套服務。請聯絡郭欣博士（singlecell10x.cpos@hku.hk / 2831-5483) 用於專案討論和服務報價。.
價格受以下因素影響：
- 每次提交的樣本數量
- 應用（例如 3′ 基因表現、5′ 基因表現、V(D)J 分析等）
- 標靶細胞數量（影響定序成本）
- 生物資訊分析需求
- 附屬機構（香港大學、本地學者、海外學者等）
服務訂購
請參考 樣品要求及提交 樣品要求部分。.
請透過以下方式提交服務請求 iLab.
技術細節
鉻單細胞封裝和文庫製備
在3′或5′基因表現分析中，細胞將透過10X Chromium iX封裝到凝膠珠乳液（GEMs）中，隨後進行逆轉錄和文庫構建，形成cDNA文庫池。來自同一細胞的轉錄本將透過10X條碼進行識別，而每個轉錄本則可透過唯一分子識別碼（UMI）彼此區分。.
來源：10X Genomics
對於多組學分析，細胞核首先會經歷轉座過程，即轉座酶進入細胞核並優先將染色質開放區域的DNA片段化。轉座後的細胞核將依照上述類似步驟進行封裝，以產生基因表現文庫和ATAC文庫。.
對於 Flex 檢測，需要用甲醛固定樣品，然後與全轉錄組探針孵育以捕獲 mRNA 轉錄物。雜交後，最多可將 16 個樣品混合到一個反應中，用於後續的包封和文庫建構。除了用於識別每個細胞的細胞條碼外，探針條碼也用於將細胞分配到相應的樣本中。.
定序運行
產生的文庫與Illumina定序儀相容。為了讀取一端的轉錄本序列和另一端的條碼及UMI，需要進行雙端定序。.
請參考下表，以了解供應商對每種應用所需的最低定序深度的建議。.
| 應用程式 | 3'、5' 或多組 基因表現庫 | V(D)J 圖書館 | 功能條碼庫 | 多組 ATAC 文庫 | 基因表現靈活文庫 |
| 每個細胞/細胞核的讀取對數 | 20,000 | 5,000 | 5,000 | 25,000 | 10,000 |
| 在 CPOS 運行設置 | NovaSeq X Plus PE150bp | NovaSeq X Plus PE150bp | NovaSeq X Plus PE150bp | NovaSeq X Plus PE50bp （由於運行週期是自訂的，使用者需要自行提交定序運行計劃） | NovaSeq X Plus PE150bp |
工作流程
樣品要求及提交
樣品要求
請參考下表，以了解每項申請的提交要求範例。.
| 應用程式 | 3' 或 5' 基因表達 | 多組ATAC+基因表達 | 基因表現彈性 |
| 樣本類型 | 單細胞/核懸浮液 | 單核懸浮液 | 固定細胞/核懸浮液 |
| 細胞大小 | 粒徑小於或等於 30 微米，分散良好，無團塊或雙聯體 | ||
| 專注 | 500 – 2,000 個細胞/μl，, 至少 50 微升 | 3,000 – 8,000 個細胞核/μl，, 至少 10 微升 | 專注度沒有限制。. 請準備超過 100,000 個固定細胞/細胞核。. |
| 可行性 | 細胞：≥85% 細胞核： <5% | <5% | 不適用 |
| 樣品緩衝液 | 1x PBS + 0.04% BSA（或供應商建議的其他緩衝液） 避免使用過量的 EDTA（>0.1mM）或鎂（>3mM），以及任何界面活性劑（如 Tween-20 等）。 | 稀釋的細胞核緩衝液（含 RNase 抑制劑） Nuclei Buffer (10X Genomics) 的儲備溶液將由 CPOS 提供。. | 淬滅緩衝液（10X Genomics）或 組織重懸緩衝液 |
| 樣品製備指南 | 點這裡 | 點這裡 | 點這裡 |
| 樣本提交表 | 點這裡 | 點這裡 | 點這裡 |
樣品提交
由於工程性質特殊，樣品提交後需立即處理。 請提前聯繫我們的同事。 （透過電話/電子郵件顯示） 在此用於時段預約。.
樣品提交日期和詳情確認後，請透過以下方式提交服務請求： iLab. 請將單細胞（10X Genomics）樣本提交表作為附件提交。 iLab.
服務條款
由於技術限制，偶爾可能會出現問題。 潤濕失效 或在封裝過程中發生堵塞，導致反應無法進行。 CPOS 無法保證每個樣品都能成功封裝。我們將竭盡全力為用戶提供最佳的輸出結果和高品質數據。如果實驗失敗，我們將立即聯絡用戶，討論後續處理方案。.
從提交樣本到交付定序數據，全套服務的預期週轉時間通常為 2-4 週。週轉時間可能因訂單需求而有所不同。.
聯絡我們
郭欣醫生
林女士，Candy
