技術概述
牛津奈米孔定序是一種先進的第三代定序平台，可對DNA或RNA樣本進行高通量定序，定序長度從短讀長到超長讀長不等。其工作原理是利用奈米孔捕獲文庫分子，並透過測量電流擾動來精確地將定序結果轉化為DNA或RNA序列。這項前沿技術能夠產生長讀長序列，從而促進高品質從頭基因組的組裝。此外，該平台還提供條碼系統，支援在流動池上進行多重定序，從而顯著提高效率並降低成本。.
服務費和訂購
服務收費
核心實驗室提供包括核酸萃取、文庫建構、奈米孔定序和生物資訊學服務在內的全面服務。請聯絡郭顯博士（hinkwok.cpos@hku.hk / 2831-5483）或平台專家進行專案洽談及取得正式服務報價。.
價格受以下因素影響：
- 所需通量或覆蓋倍數（定序讀取或鹼基輸出）
- 工作類型（微生物基因組定序、標靶DNA定序、RNA定序、宏基因體學等）
- 樣本數
- 文庫製備方法
- 生物資訊分析需求
- 特殊和/或附加要求
- 附屬機構（香港大學、本地學者、海外學者和商業公司）
服務訂購
請透過以下方式提交服務請求 iLab.
技術細節
圖書館準備
根據不同的應用場景，我們提供多種庫建置方案。我們很樂意與您探討您的需求並提供建議。.
定序運行
MinION 可以在 1 個流動池中傳輸高達 20 Gb 的資料。.
PromethION 系統可在單一流動池中處理高達 100 Gb 的資料。該系統還具有靈活的運作規模，每次運行最多可連接 24 個流動池。此外，也提供多種文庫製備方案。.
*性能會因樣品品質和其他實驗因素而異。.
工作流程
樣品要求及提交
A. 樣品製備
純淨的DNA對於確保文庫製備的一致性和數據品質至關重要。.
我們的建議：
- 經過苯酚/氯仿萃取法處理的樣品需要純化。
- 用核糖核酸酶處理DNA
一般來說，樣品應符合以下要求：
- 不含抑制劑，例如血紅素（來自血液）、EDTA 和鹽類
- 不含任何有機溶劑，如苯酚、氯仿和乙醇
- 不含細胞碎片或蛋白質
- 不含原生物/組織成分（血紅素、腐植酸、多酚等）
- 溶於適當pH值的緩衝液中，例如pH 8.5的10mM Tris-HCl緩衝液。
- 未降解，即高分子量雙股基因組 DNA 和 RNA，在片段分析儀上具有較高的 RQN 評分。.
B. 樣品要求
DNA樣品提交前，應以紫外線分光光度法進行純度及含量評估。部分基於DNA的應用還需要提供凝膠照片。.
樣本提交後，核心平台專家將對樣本進行品質控制，包括對 DNA 樣本進行 Qubit 定量。.
| 應用程式 | 樣本類型 | 協定選項 | 核酸需求 （基於量子位元值） | 專注 | 所需容量 | A260/280 | A260/230 | RIN / RQN | 凝膠照片 必需的 |
| 全基因組定序（WGS） | 基因組DNA | 10kb協議 | 5微克 | >50 ng/μL | >50 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | 不適用 | Y |
| 30kb協議 | 25微克 | >100 ng/μL | >50 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | 不適用 | Y | ||
| cfDNA定序 | cfDNA | 單工協議 | >30 奈克 | >2 ng/μL | >20 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | 不適用 | Y* （需要片段分析器設定檔） |
| 多路復用協議 | >6 納克 | >0.5 ng/μL | >20 μL | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | 不適用 | |||
| 擴增子定序 | 擴增子 | 多路復用協議 | 請諮詢 | 1.8 – 2.0 | 2.0 – 2.2 | 不適用 | Y | ||
| 直接RNA定序 | 總RNA | 3'-聚腺苷酸化轉錄本富集方案 | 3微克 | >150 ng/μL | >20 μL | ~2.0 | 2.0 – 2.2 | >=7 | N |
C. 樣品提交
請透過iLab提交服務申請以取得專案報價並確認服務內容，然後再提交樣品。請在將樣品送至核心實驗室之前，請提前聯繫我們的同事（聯絡方式請參閱網頁底部）。請隨樣品攜帶以下物品：
- 已完成文件的紙本版 NP樣品提交表, 並將電子版作為附件上傳到 iLab。
- 對於 DNA 樣本，請提供帶有合適大小標記的凝膠照片，該標記的上限值應大於或等於 20 kb（例如 GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder）。
提交前請諮詢平台專家。.
數據收集
資料可用後，使用者將收到電子郵件通知。資料蒐集詳情，請參閱[此處應插入參考文獻]。 CPOS生物資訊學核心 頁。.
服務條款
數據吞吐量
請參閱技術細節以了解相關資訊。.
然而，實際吞吐量會受以下因素影響：
- 樣品質量
- 文庫製備方法
- 試劑批
- 其他跑動變化
數據品質和可用性
我們將本著誠信原則，為所有合作者和使用者提供最佳的產出和高品質的數據。.
任何問題都將在跑步前、跑步過程中和跑步後公開討論。.
各階段的資料也可根據要求與合作者和使用者共用。.
週轉時間
服務完成時間可能會因提交的樣品數量和提交樣品時的服務需求水準而異。.
樣品和試劑準備就緒後，將立即放入處理隊列。試劑從牛津奈米孔技術公司出貨大約需要1個月。.
預計完成日期將在提交樣品時告知。.
實用連結
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郭欣醫生
周先生，克萊門特
