生物資訊核心

圖 1. Partek Flow 中用於資料分析的基於 Web 的點擊式介面。.

圖 2. Partek Flow 中的分析視覺化範例。.

Partek Flow 連同 Partek Pathway

Partek Flow 是一款基於網路的分析工具（安裝在 CPOS 伺服器上），每週 7 天，每天 24 小時可用。.

單細胞分析

輸入資料類型（適用於 CPOS 10X 單細胞分析產生的基因表現資料）：

• 下一代定序（NGS）原始數據，例如：
  • FASTQ
• NGS定量資料包括：
  • 10X Cell Ranger 的細胞計數矩陣
• NGS處理的資料例如（如適用）：
  • 來自 R/Seurat 的 RDS

主要功能：

• 匯入和處理各種標準格式的數據，並可在任何步驟匯出。
• 將細胞分類為已知細胞類型和新型細胞類型
• 發現定義細胞群的生物標記
• 尋找差異表達的基因和蛋白質
• 辨識差異表達通路
• 比較各實驗組之間的細胞類型群體
• 整合多組學實驗的基因和蛋白質表現數據

您也可以訪問 Partek Flow 網站 或線上看 文件 和 教學 更多詳情請見下文。.

批量RNA定序分析

輸入資料類型（適用於 CPOS 批次 RNA-Seq 分析產生的差異基因表現結果檔）：

• 差異基因表現結果文件：
  • Partek_Gene_Diff.txt
  • Partek_Isoform_Diff.txt

主要功能：

• 匯入並處理差異表達結果文件，並可選擇在任何步驟匯出。
• 使用多種方法篩選基因清單以進行下游分析
• 進行通路分析以識別受影響的生物過程
• 進行基因本體論（GO）富集分析以獲得功能見解
• 產生火山圖以可視化差異表達

有關批量 RNA-Seq 分析的更多詳細信息，請參閱我們的 使用者指南.

服務收費

Partek Flow的服務費用包括軟體使用費和資料儲存費用。詳情請與我們聯絡。.

軟體使用費：

• • 按日收費
  • CPOS 10X 使用者可免除此項費用（須遵守相關條款與條件）
  • CPOS Bulk RNA-Seq 分析使用者可免除此項費用（須遵守相關條款與條件）。

資料儲存費用：

• • 按月以 1000 GB 為單位收費
  • 請參閱收費政策 HPCF帳戶
  • CPOS Bulk RNA-Seq 分析使用者可免除此項費用（須遵守相關條款與條件）。

服務訂購

請參考 CPOS Partek Flow 預約指南 透過以下方式預訂服務 iLab. 如果您是第一次使用 Partek Flow，請聯絡我們以建立帳戶。.