單細胞(Mission Bio)

技術概述

Mission Bio Tapestri平台可以對數千個細胞進行標靶DNA定序。它可以在單細胞層級檢測單核苷酸變異(SNV)、插入缺失、拷貝數變異(CNV)等。.

Mission Bio 提供一系列預先設計的基因檢測組合,涵蓋血液系統惡性腫瘤和實體腫瘤中最常見的相關基因。為了提供更大的靈活性,使用者還可以根據現有設計或從零開始創建客製化的基因檢測組合,適用於人類、小鼠或其他基因組。.

Tapestri儀器採用兩步驟微流控工作流程。首先,它封裝單一細胞並進行細胞條碼標記。接下來,帶有條碼的細胞將進行靶向多重PCR,並進一步處理以產生與Illumina相容的文庫,用於下一代定序。.

我們的核心伺服器目前託管著 Tapestri 儀器。如有任何疑問,請隨時與我們聯繫。.

Tapestri instrument

服務費和訂購

單細胞標靶DNA定序

  • 對每個樣本進行 5,000 至 10,000 個細胞的標靶 DNA 定序
  • 可選擇預設目標面板或客製化面板

服務價格

價格受以下因素影響:

  • 目標面板(預設或自訂)
  • 標靶細胞數量(影響定序成本)
  • 生物資訊分析的需求
  • 附屬機構(香港大學、本地學者、海外學者等)

核心實驗室提供 Tapestri 封裝技術,可將細胞懸浮液中的單一細胞封裝起來,隨後進行文庫建構和 Illumina 定序。請聯絡郭欣博士(mbsinglecell.cpos@hku.hk / 2831-5483) 用於專案討論。.

服務訂購

請參考 樣品製備和提交 樣品要求部分。.

請透過以下方式提交服務請求 iLab.

技術細節

單細胞封裝

該系統能夠從單一細胞懸浮液中捕獲每個樣本 5,000 至 10,000 個細胞。.

使用者需提交每微升含 3,000 – 4,000 個細胞的細胞懸浮液,細胞大小為 30 μm 或更小,且具有良好的活力(80% 或以上)。.

在 Tapestri 儀器中,首先將細胞分離、裂解,並用蛋白酶處理以去除 DNA 結合蛋白,釋放 DNA。下一步,將裂解的細胞與條碼磁珠和試劑混合物混合,在液滴中生成帶有條碼的細胞。然後,使用多重 PCR 對目標區域進行擴增。之後,破壞液滴以釋放帶有條碼的 DNA,並添加 Illumina 接頭進行文庫擴增。純化的最終文庫即可用於定序。含有相同細胞條碼序列的文庫片段可以相互關聯。.

來源:Mission Bio

圖書館準備

該服務將包括單細胞封裝後的文庫製備。.

定序運行

產生的文庫與Illumina定序儀相容。為了讀取一端的插入序列和另一端的條碼,需要進行雙端定序。.

供應商的規格建議平均覆蓋率為 60 – 80 倍。所需的總讀取次數(以百萬計)按以下公式計算:

預期細胞數 x 擴增子數 x 建議覆蓋度

工作流程

樣品製備和提交

單細胞DNA定序所需的細胞類型

對於每個樣本,使用者需要提交一份細胞懸浮液。

– 濃度為每微升 3,000 – 4,000 個細胞

尺寸為 30 微米或更小

– 分離良好,無團塊或雙聯體

– 具備良好的生存能力(>80% 可存活)

– 重懸於不含鈣的 1x DPBS 中2+/Mg2+

樣品提交

請提前聯絡我們的同事(透過所示的電話/電子郵件)。 在此在將樣本運送到岩芯之前。.

樣品提交日期和詳情確認後,請透過以下方式提交服務請求: iLab.

請提交 單細胞(Mission Bio)樣本提交表 作為附件 iLab.

聯絡我們

郭欣醫生
程莉蓮女士

  • 2831-5483 / 2831-5386

  • mbsinglecell.cpos@hku.hk